Linux dizin yapısında bazı dizinlerin işlevi birbiriyle aynıdır. Bu durum, özellikle birbirini takip eden iki Linux sürümünde belirginleşir. Örnek olarak bir dağıtımda /usr/bin dizini altında yeralan dosya, diğer sürümde /bin altına yerleştirilebiliyor.

Dosya sistemleri ve dizinler paylaşımlı olarak da kullanılabilir. Birden fazla kişisel bilgisayarın bağlandığı ağda, disk alanından yer kazanmak için bir makina sunucu (ana makina) olarak tayin edilir. Ağ üzerindeki diğer makinalar da sunucu üzerindeki diski paylaşır. Buna örnek olarak kullanıcı ev dizinlerinin yeraldığı /home, çalıştırılabilir dosyaların bulunduğu /usr, e-posta ve haber grubu bilgilerinin bulunduğu /var/spool/mail ve /var/spool/news dizinleri verilebilir.

Kök dizini, kendisine bağlı diğer tüm dizinleri de içerdiğinden, Linux dosya sisteminde önemli bir yere sahiptir. Linux açılırken önce kök dizini /etc/fstab dosyasına uygun şekilde bağlanır. Diğer dosya sistemlerinin onarımı ve kontrolü için gerekli olan fsck programları bu dizinde bulunmalıdır. Benzer şekilde yedekleme için gerekli olan tar, zip, compress gibi arşiv programlarına da kök dizin altından erişilebilmeli, açılış esnasında hafızaya yüklenen çekirdek de kök dizininde yeralmalıdır.

Sistemdeki önemli dizinlere göz atarsak,

/bin :
Sistemin açılışı ve kontrolü için gerekli komutlar. Hem kullanıcıların, hem de sistem görevlisinin kullanabileceği dosyalar (kök dizinde ise fazla şişmemesi koşuluyla) buraya atılabilir. Sadece root kullanıcının ihtiyaç duyacağı init, getty, updatedb gibi programlar /sbin veya /usr/sbin de durabilir. Bu dizinde bulunan dosyalara örnek olarak cat, chgrp, chown, date, dd, df, ln , mkdir, mount, ps, rm, sh, su, sync ve umount u sayabiliriz.

/dev :

I/O dosyaları. Linux çekirdeğinde desteklenen her aygıta ait dosya /dev dizini altında bulunur. Kurulum anında bu dosyalar yerine yerleştirilir, bu dosyaların silinmesi durumunda /dev/MAKEDEV ile tekrar yaratılabilirler.

/etc :

Sistem konfigürasyon dosyaları. Bu dizinde çalıştırılabilir dosyalar bulunmamalıdır.

* skel : Buradaki dosyalar, kullanıcı hesabı açıldığında kullanıcının ev dizinine kopyalanır.
* rc.d : Bu dizinin içinde, init sürecinin başvurduğu konfigürasyon dosyaları vardır.
* passwd : Kullanıcı şifre veritabanı
* fstab : Linux un açılışı esnasında bindirilecek dosya sistemleri burada listelenir.
* group : passwd e benzer şekilde kullanıcıların gruplarını tutar.
* inittab : init daemon için konfigürasyon dosyası
* motd : Kullanıcı sisteme girdikten sonra ekranına basılması istenen mesaj burada tutulur.
* profile : Kullanıcı sisteme girdiği zaman çalıştırılan dosya (csh ve sh türevi kabuklar için)
* shells : Sistemde kullanılabilecek kabuk isimleri burada tutulur.
* login.access : login komutu için konfigürasyon dosyası. Sisteme girişi kullanıcı bazında sınırlamak için kullanılır.
* limits : İşlemci performansının kullanıcı bazında kısıtlanmasını sağlar

/home :

Kullanıcılara ayrılmış dizin. Başka şekilde ayarlanmamış ise, açılan her hesaba ait kullanıcı, burayı kullanacaktır. Büyük sistemlerde, bu kısım alt parçalara ayrılabilir (/home/ftpadm , /home/ogrenci gibi)

/lib :

Kütüphane dosyaları.

/mnt :

Geçici bağlanan dosya sistemleri. Sadece bu iş için kullanıldığından sistem görevlisine zaman kazandırır.

/proc :

Süreç kontrollerini ve diğer sistem bilgilerini tutan dosya sistemi. Bu dosya sistemi aslında disk üzerinde yer kaplamaz, tüm dosyalar çekirdeğin bir uzantısı sayılabilir.

* cpuinfo : işlemci modeli, tipi ve performansını bildirir.
* devices : Halihazırda çalışan çekirdek içinde desteği bulunan aygıt sürücülerini listeler.
* dma : Hangi dma kanallarının kullanıldığını belirtir.
* filesystems : Halihazırda çalışan çekirdek içinde desteği bulunan dosya sistemlerini listeler.
* interrupts : Hangi kesintilerin kullanımda olduğunu söyler.
* iports : Halen hangi giriş/çıkış iskelelerinin kullanıldığını belirtir.
* kcore : Sistem hafızasının görüntüsü

/root :

Sistem görevlisinin ev dizini. Mümkünse bu dizini sistemdeki diğer kullanıcıların görmeyeceği şekilde ayarlayın.

/sbin :

Hayati sistem komutları. Bir zamanlar bu dosyalar /etc dizini altında yeralıyorlardı. Sadece sistem görevlisinin ihtiyacı olan komutlar, /sbin veya /usr/sbin içinde bulunur.

/tmp :

Geçici dosyaların koyulduğu dizin. Belirli zaman aralıklarında temizlenmelidir.

/usr :

Diğer önemli sistem dosyalarını tutar. Bu bölüm genelde en kalabalık dizindir, zira yeni kurulan tüm programlar buraya konulur.

* X11R6: X Window sistemi bilgileri tutulur.
* doc: Belge ve dokümanlar, genellikle HOWTO ve FAQ dosyaları.
* lib: Bazı kütüphaneler
* man: Man dosyaları
* src: Bazı kaynak dosyaları ve linux çekirdeğini oluşturan kodları (/usr/src/linux) içeren dizin.
* sbin : Kök dosya sisteminde yeralması gerekmeyen çalıştırılabilir sistem görevlisi dosyaları

/var :

Sürekli değişen sistem bilgileri burada tutulur. İstisnalar dışında diğer makinalarla paylaştırılmaz.

* adm: Sistem yönetimini ilgilendiren kayıtlar
* preserve : Sistemin göçmesinden sonra zarar görmesi mümkün dosyaların kaydedildiği yer.
* spool : Sonra işlenecek olan veriler buraya atılır (e-posta gibi)